原创：微细胞 微科享 时间：2019-03-06
干货：科研必备细胞信号通路查询数据库
细胞的生命活动起源于信号传导。信号通路是指当细胞内发生某种反应时，信号从细胞外到细胞内传递了一种信息，细胞要根据这种信息来做出相应的反应现象。细胞外信号分子一般不能直接进入细胞，必须通过与胞膜表面（或胞内）特异性受体结合，引发胞膜变化，产生胞内信号分子并传至胞核内，从而引起基因及蛋白质变化，最终调节细胞功能，此过程称为信号转导通路，简称为信号通路。
从各种信号最终所导致的行为和功能来看，信号通路几乎渗透于所有的细胞生命活动：代谢、分裂、分化、功能、凋亡。目前有好多专业的数据库提供了信号转导机制等的最新进展和已有知识的搜集整理，对于我们全面了解信号转导通路提供有益的帮助。以下是比较常见与信号通路密切相关的数据库。
目前最常用的信号通路数据库是KEGG pathway数据库。KEGG(京都基因与基因组百科全书)是基因组破译方面的数据库, 是国际最常用的生物信息数据库之一，以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。后基因时代重大挑战是如何使细胞和有机体在计算机上完整的表达和演绎，让计算机利用基因信息对更高层次和更复杂细胞活动和生物体行为作出计算推测。为达到此目的，人们建立了一个在相关知识基础上的网络推测计算工具。在给出染色体中一套完整的基因的情况下，它可以对蛋白质交互（互动）网络在各种细胞活动起的作用作出预测。
各个数据库中包含了大量的有用信息。基因组信息存储在GENES数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列；更高级的功能信息存储在PATHWAY数据库里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系保守的子通路等信息；KEGG的另一个数据库LIGAND，包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。
那除了KEGG以外还有那些信号通路数据库呢？下面小编给大家介绍几个比较常用的信号通路数据库。
1. UCSD Signaling Gateway
UCSD Signaling Gateway 分子信号数据库是由加州大学圣地亚哥分校的圣地亚哥超级计算机中心主办的数据库，该数据库提供有关细胞信号的数千种蛋白质的基本信息。该数据库将专家撰写的评论与精心设计的、高度结构化的数据(例如蛋白质交互)结合起来，并从公开可用的数据源中自动注释。这里提供的信息和数据对所有用户都是免费的。
2. BioCarta 数据库
该数据库的特点是通路数据，可以用来研究分子互作关系、富集分析、通路为基础的研究等。
观察基因如何相互作用的动态图形化模型。从分子的关系角度描绘了一个网络图模型。是“开源”数据库的典型代表法，通过社区论坛而成长起来的数据库，通过不断整合蛋白质组信息迅速发展壮大起来。它还提供了目录并且总结了12万多个多物种的基因信息的重要资源。发现了过去的已有的通路的同时也发现了一些新的通路。
这个数据库可以说是和KEGG数据库齐名，尽管其数据量目前可能没有KEGG的多，但在一些通路相关的研究中，这个数据库也和KEGG一道用来研究基因的功能，注释信息，进行富集分析等。
3. CST信号通路数据库
CST科学家和外部专家汇编这些信号通路图解，对挑选出来的信号通路提供简明和最新的概述。这些关于细胞通讯的容易理解的图表总结和整合了每一条信号传导通路的知识。
除了这些数据库，还有一些数据库是存放蛋白质磷酸化位点信息的数据库。比较常用的磷酸化位点信息数据库有PhosphoSitePlus。该数据库是一种在线系统生物资源，为研究蛋白质后转化修饰(PTMs)的研究提供了全面的信息和工具，包括磷酸化、泛化、乙酰化和甲基化。每条信号通路中的蛋白，都链接到“在PhosphoSitePlus®网站搜索”，这个网站包括了脊椎动物中的蛋白磷酸化以及其它的蛋白翻译后修饰，这个数据库是专家级的知识库。与之匹配的“在信号通路中搜索产品”也是在线的。最重要的是他们每个信号通路图下面给了比较详细的描述和相应的参考文献。
目前网络上存在许多的生物学数据库,往往可以通过多个站点对同一数据库及其镜象站点进行访问，根据不同的需要使用不同的数据库。这些数据库对我们的科学研究带来了很多方便。
